看下你的脚本中，在编辑器可能会调用到的方法中，是否有针对节点或者是组件的destroy操作，比如一些set/get方法，onLoad方法等，是否启用了executeInEditor。从报错来看，是因为节点已经被删除的情况下再次调用destroy导致的。
另外可以看下新建项目或者是examples也会这样，将一些脚本放到正常的项目中做排查看看。
好的, 我自己排查一下
OK，如果排查后还没什么头绪的话，麻烦找到复现的方法，并提供一个demo工程过来
然后使用ctrl+R 刷新一下会回到唯一一个场景