我也遇到，似乎这是cocos2dx-3.2的BUG，以前用3.0的时候不曾出现。上面几位你们是否也是3.2的
这是一个真实的问题，希望官方的人能够看到。至从我用来3.2后，就出现上面问题。3.0的时候可以很正常。所以怀疑是3.2的一个BUG。
我也遇到这个问题，我用的是3.2版本
An internal error occurred during: “Initialize Indexing”.
java.lang.NullPointerException
是因为lib库的路径错误。
用Eclipse把cocos2dx 3.2的库加载进去，然后你的项目属性里面，重新设置library.
Properties -> Android -> library
我在mac下也遇到了，但是没有好办法解决，只好重新生成了一次，把除了代码之外的都拷贝过去覆盖，然后把build_native.py里面NDK_ROOT写死了，就没事了。仅供参考。
cocos2d的沙茶们， 蒸腾一天了
楼主最后怎么解决的啊，求指点，困扰好几天了
我也遇到了~~求教
新项目用的3.2，今天熟悉了一下，上午还好好地，我还打了个包。可是下午从新打开时，就出现了这个情况~~
看来大家都有这个问题。
不知道大家最后是解决了没有啊？每次都要重新再建一个项目也太麻烦了
你还好，第一次可以正常，我第一次都是有问题的。跟你描述的情况一模一样。官方求解
没有救回来的吗？
请用Eclipse正常退出 不要直接点叉子 file->exit
使用3.2的，遇到同样问题，重新安装adt遇到很多其它问题，等高手解答…
我也遇到这问题，妈的，又要把项目重建。哪位大神有解决办法？
没用，一样会出现这错误的
这个破问题折腾了我两天，太坑爹了。把时间都浪费在整环境上了，什么玩意。
问题描述：python cocos.py新建一个项目HelloWorld，执行项目下面proj.android下的build_native.py编译好工程后导入eclipse可以正常运行。
但是，，，一旦退出eclipse，，再次打开，妹的，神奇的错误出现了！报什么java空指针，cdt builder error，尼玛各种抓狂啊。
于是，漫长的google开始了。。。
网上有说是cdt bug，于是将cdt更新到8.1.0，无效
有说ndk include 问题，试了，无效
切换workspace，无效
最郁闷的是，我发现不仅仅是报错的问题，切换到c/c++视图，工程完全打不开。
各种曲折探索之后，发现.cproject有问题：
不知道在什么时候（应该是第一次导入后退出eclipse的时候）新生成了一个<cconfiguration …Debug/>，覆盖掉了前面的，并且一直存在！！！导致再次
打开eclipse报各种错误！
解决办法：在.cproject中干掉后面的<cconfiguration …Debug/>
万草奔腾~太多时间浪费在环境工具上，坑坑坑
你好，请问 “.cproject” 是什么文件？ 在哪里？ 我貌似没找到啊～～～