使用命令行发布工程为web开启MD5问题

请教大家一个问题 在使用命令行构建发布工程为web开启MD5。构建完成后提交外网服务器。此时有些文件重复了只是名字不一样。每次发布就会多一些文件。请问你们是怎么处理的?是不是手动删除?