[于是我又来了]请问调试模式只有打开浏览器这一种吗?我想要使用Native模式应该怎么做?

如题
console.log(cc.sys.isNative)
显示false

若是我希望调试的时候直接运行exe而不是打开浏览器
该怎么做呢?

在平台里面选择你需要的平台,然后点击运行预览按钮(不是边上那个url)
当然,如果想要看到 log,可以调试原生代码的话,要使用 VS 或者 Xcode

http://cocos.com/docs/creator/publish/publish-native.html