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Creator 版本： 3.3.1
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目标平台：Cocos Creator Editor [Chrome]
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重现方式：
按照我设定的结构Prefab结构嵌套保存即可重现，为了便于观察，以下只修改_name字段说明
如图，TestPrefab2、TestPrefab3 为两个独立的Prefab，便于测试分析问题我这里没有挂任何子节点。
然后打开TestPrefab，先将TestPrefab2挂到TestPrefab下，再将TestPrefab3挂到TestPrefab2下。此时给TestPrefab2和TestPrefab3改名后保存
关闭后重新打开TestPrefab，发现TestPrefab3的名字变回了初始值，TestPrefab2的修改正常
用文本工具打开TestPrefab.prefab文件，发现对应的属性修改没有保存上
但若在prefab文件中手动修改value，在编辑器内可以看到正确的结果
编辑器里再次修改TestPrefab3的名称后保存，再点开发现显示的值还是"TestPrefab3 CCCCCCCCCC"
总结： prefab中存在引用的几个Prefab有层级关系后，编辑器内保存不了子层级Prefab根节点的属性。Prefab内其他节点的属性修改可以正常保存。