先放结论，我试验了一下，发现不会有影响。
但有一个疑问？
既然不依赖目录结构，那应该是根据uuid来查找依赖吧？
但当我直接在VS Code里面直接拖拽文件改变目录结构，.meta文件没有跟着源文件走，依然没有报错。
是我操作有什么疏忽还是引擎另有实现方式？
有大佬解答一下吗？
理论上应该主包发生变化后子包也同步更新变化就没问题
因为不能在编译器外移动文件，在编辑器里操作就好了。能在外部移动的都是没有挂载的，比如：非组件代码、组件代码但没有挂载、非挂载资源。所以，资源都在编辑器内操作，脚本看情况，如果在编辑器里操作，则要注意引用路径